Tra il 1624 e il 1633, la Repubblica di Genova acquistò la parte restante del Marchesato per 200.000 fiorini e i Del Carretto scomparvero dalla scena politica, sebbene in alcune circostanze riapparvero per lamentare diritti ancora esistenti sul territorio, come nel caso della Marchesa Maria, moglie del Marchese Malaspina, che nell'ottobre del 1669 chiese la concessione in feudo di Bardineto sostenendo che le era stato assegnato dal padre Ottavio del Carretto quando era ancora Signore di Zuccarello. Il possesso di tutto il Marchesato da parte della Repubblica di Genova provocò l'immediata reazione dei Savoia e dei Francesi loro alleati e nel 1625 scatenò la cosiddetta Guerra di Zuccarello o Guerra del Sale, che si concluse nel 1631 con il trattato di Cherasco e con la vittoria dei Genovesi. Tale evento sancì la fine della secolare signoria carrettesca sulla Val Neva.
GLI EVENTI BELLICI SUCCESSIVI
Da allora il castello venne utilizzato esclusivamente a scopo militare. Altre guerre videro successivamente il territorio di Zuccarello protagonista; prima nel 1672, poi nel 1746 durante la guerra di successione al trono d'Austria, quando il borgo fù assediato e poi invaso dai piemontesi e la strenua resistenza degli abitanti e delle truppe liguri e corse portò alla riconquista del paese e mise in fuga 6.000 uomini facendone prigionieri 500. Infine, nel corso della campagna d'Italia, Zuccarello fù sede del quartier generale delle truppe napoleoniche agli ordini del Generale Massena, prima della Battaglia di Loano che ebbe luogo il 22 e 23 novembre 1795. Le fortificazioni erette e gli scontri fra le parti in conflitto in tale occasione, contribuirono alla distruzione di gran parte del castello medioevale, lasciandolo quasi completamente nelle condizioni in cui si trova ancor oggi.